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顾名思义，厌氧菌是由厌氧菌的存在引起的。由于厌氧菌作用的先决条件是没有氧气，因此存在的氧气会抑制厌氧菌作用。好氧气喜欢氧气，当然含氧量越高越好。需氧细菌只能在充足的氧气环境中活动。
通过控制厌氧和缺氧段的停留时间、PH值、温度等控制微生物处理有机污染物的能力，可以提高厌氧和缺氧段的处理效果。例如，当进水PH异常时，应尽量调节小，可以调节酸碱或水量。
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